Digidesign Pro Tools 6.0 byl vyžaduje operační systém Apple Mac OS X a počítače Power Mac G4. Zaujme zejména nový a uživatelsky příjemný vzhled oken a ovládacích prvků plus podpora víceuživatelského prostředí. Zdokonalenou správu souborů zde představuje tzv. DigiBase, který slouží např. k lepšímu paralelnímu ovládání zdrojových médií (externí disky, efekty , CD se smyčkami apod.). DigiBase funguje podobně jako Finder na Macu nebo Explorer ve Windows, navíc však poskytuje kompletní přehled informací o souboru, včetně délky, časových údajů, grafického zobrazení umístění apod., dále jsou zde k dispozici dvě pole pro případné komentáře. Podle všech parametrů lze vyhledávat. Verze pro TDM systémy obsahuje navíc DigiBase Pro s rozšířenými funkcemi a volitelnými možnostmi správy souborů. Další novinkou v ProTools 6.0 jsou zdokonalené funkce MIDI (včetně groove šablon s vysokou rozlišovací schopností). Vylepšený Beat Detective umožňuje extrahovat a vytvářet šablony DigiGroove, které využívají časování i dynamiky z audio materiálu. Kromě rozšířených vlasností pluginů zde jsou i nové možnosti importu a MachineControl.